新たに勤務区分を登録することで対応できます。
勤務区分を作成する際に始業時刻~終業時刻を「00:00~47:59」、コアタイム時刻を「未入力」で登録しますと打刻時間をもとに計算を行い遅刻・早退はカウントしないようになります。