部署階層を変更することで可能となりますが、管理する会社の就業規則が同じであることが条件となります。

はじめに、最上位となる部署（すべての会社を管理する部門といった位置づけ。架空でも問題ありません。〇〇ホールディングスなど）を作成します。

次に、作成した部署を部署を部署階層の一番上に設定し、２階層目に管理する会社を設定します。