Excelにて表記を編集する必要がありますので、手順をご案内します。
※Excelのバージョンにより、表示が一部異なる可能性があります。

１．Excelを新規で開き、「データ」タブの「テキストファイル」を選択します。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

２．ファイル選択画面が表示されるので、編集したいCSVファイルを選択しインポートを押します。

３．元のデータ形式で「カンマやタブなどの区切り文字によってフィールドごとに区切られたデータ」を選択し、「次へ」を押します。

４．区切り文字を「カンマ」にチェックを入れ、次へを押します。

5．データのプレビューから文字列に変換したい列を選択し、列のデータ形式を「文字列」に選択します。

６．最後にCSV形式で保存してください。
上記編集を行うことにより時間項目の不要な部分は表示されなくなります。

なお直接セルを選択し、「セルの書式変更」項目から編集を行うことも可能です。
その場合は【セルの書式設定＞ユーザー定義】から「[ｈ]:mm:ss」を選択し、「:ss」を削除して「OK」を押してください。
※選択肢に「[ｈ]:mm:ss」がない場合は、「種類」下の欄で直接「[ｈ]:mm」と入力し「OK」を押してください。

宜しければこちらもご参照ください。
CSVデータを開くと、「001」が「1」に変わってしまいます